从HPV感染人皮肤粘膜后到尖锐湿疣损害出现需要一段时间，将这段时间称为尖锐湿疣潜伏期。尖锐湿疣潜伏期的长短因人而异，有些人的潜伏期短，有些人的潜伏期则较长。据调查尖锐湿疣的潜伏期为3周到8个月，平均2.8个月。大多数临床观察报道尖锐湿疣潜伏期一般为3个月左右，潜伏期最短者3-4周，潜伏期最长者8-12个月左右。经过潜伏期逐渐转为亚临床及临床症状，如果把尖锐湿疣比作一座冰山，亚临床就好像山座，而表面观察到的临床症状就好比山尖，如果仅仅去除表面临床疣体，皮下的疣体细胞仍然会不断的复制滋生，最终再次表现为临床症状，因此治疗亚临床才是关键。