HPV的感染部位(有学者称之为HPV的储存部位)常常是感染性接触的部位，主要在男女外生殖器部位和肛门部皮肤粘膜如阴茎、外阴、会阴部、股褶皱、肛门或子宫和尿道口内。国外有学者研究发现在多性伴、性乱人群中，在有外生殖器和肛门区HPV感染的31％的男性中尿道远端上皮HPV阳性率为17％，在有外生殖器和肛门HPV感染的29％的女性中宫颈上皮HPV阳性率为15％，小阴唇为7％。Maymon等报告有HPV感染女性的男性性伴中，HPV感染部位在阴茎体者占54％，在阴茎根部者占25％。另一项统计表明，男女外生殖器和肛门区HPV感染部位有较大差异：在女性HPV感染者中宫颈为70％，外阴为25％，阴道为10％，肛门为20％；在男性HPV感染者中包皮内侧面为70％，冠状沟和系带为10％，阴茎杆、龟头和阴囊为10％，尿道为5％，肛门为10％。最近，马胜利等检测了48例包皮环切术患者的包皮中HPV DNA，结果20例HPV DNA阳性，阳性率为41.7％，这说明男性包皮HPV感染较为普遍。

除外生殖器和肛门部位外，HPV感染的部位还有口腔，而且常在口腔中检测到HPV。椐一些调查显示正常人口腔标本中HPV检出率有较大差异，从1％-60％。Miller等研究发现正常口腔粘膜HPV感染率为13-c5％。Badaracco等检查29名妇女口腔和生殖器标本，结果口腔HPV感染率为53.8％，生殖器HPV感染率为34.5％。有学者报告在口淫者的口腔中常检出HPV，也有学者检测口淫者的舌部和口腔粘膜中有90％的人未被检出HPV。但在生殖器HPV感染的妇女中，20％的人口腔粘膜有HPV感染。Tseng等检测了301例孕妇中新生儿HPV感染部位为口腔和生殖器，分别为39.7％(27／68)和30.9％(21／68)。